Een mysterieuze kracht is de negen universums van Cartoon Netwerk aan het verwisselen en samenvoegen, waardoor onwaarschijnlijke partijen noodgedwongen samen gaan werken en lafhartige bondgenootschappen van het kwaad ontstaan. Cartoon Network Punch Time Explosion bevat personages uit een paar van de meest beroemde programmas van Cartoon Network.
Er zijn meer dan 40 personages, waarvan 18 speelbaar. Voor de enkele speler is er het speltype Verhaal dat een origineel verhaal bevat dat geschreven is door een tekstschrijver van Cartoon Network. Je kunt in het speltype Gevecht met vier spelers via wifi spelen in 21 arena’s of kiezen voor het Gevecht tegen de computer.